Package: sim4db (0~20150903+r2013-8 and others)

[ Source: kmer  ]

Jobopdelt sammenligning af cDNA-sekvenser til et målgenom

Sim4db udfører hurtig jobsammenligning af store cDNA-sekvenssæt (EST, mRNA) til et sæt af eukaryotiske genomregioner. Det bruger sim4- og sim4cc-algoritmer til at bestemme sammenligninger, men indarbejder en hurtig sekvensindeksering og indhentelsesmekanisme, implementeret i søsterpakken »leaff«, til hurtigt at behandle store mængder af sekvenser.

Mens sim4db laver sammenligninger på samme måde som sim4 eller sim4cc, har programmet yderligere funktioner, som gør det mere modtagelig for brug med hel-genom annotationskanaler. En skriptfil kan bruges til at gruppere parringer mellem cDNA'er og deres tilsvarende genomregioner, så de fremstår som en kørsel og bruger det samme sæt af parametre. Sim3db rapporterer også valgfrit mere end en sammenligning for den samme cDNA indenfor en genomregion, så længde de opfylder brugerdefinerede kriterier såsom minimumslængde, procentsekvensidentitet eller -dækning. Denne funktion er afgørende i at finde alle sammenligninger for en genfamilie på et sted. Sidst præsenteres resultatet enten som tilpassede sim4db-sammenligninger eller som GFF3-genfunktioner.

Denne pakke er en del af Kmer-programpakken.

Other Packages Related to sim4db

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• rec: kmer-examples

  Prøvedata for kmer-værktøjspakken for DNA-sekvensanalyse

• rec: leaff

  Redskaber og programmer for biologisk sekvensbibliotek

Download sim4db

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	0~20150903+r2013-8+b3	449.7 kB	4,134.0 kB	[list of files]