all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: python-sqt  ]

Package: python3-sqt (0.8.0-6 and others)

Links for python3-sqt

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package python-sqt:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

SeQuencing-værktøjer for biologiske DNA/RNA-data med høj gennemløb

Sqt er en samling af kommandolinjeværktøjer til arbejdet med sekvensdata med høj gennemløb. Er i konceptet ikke låst til et bestemt sprog, mange sqt-underkommandoer er i øjeblikket implementeret i Python. For dem er en Pythonpakke tilgængelig med funktioner til at læse og skrive FASTA/FASTQ-filer, beregne sammenligninger, kvalitetstilpasning etc.

De følgende værktøjer tilbydes:

 * sqt-coverage - beregn per reference-statistik såsom dækning og GC-
   indhold
 * sqt-fastqmod - FASTQ-ændringer: forkort, undersæt, omvendt komplement,
   kvalitetstilpasning
 * sqt-fastastats - beregn N50, min/maks længde, GC-indhold etc. for en
   FASTA-fil
 * sqt-qualityguess - gæt kvalitetskodning for en eller flere FASTA-filer
 * sqt-globalalign - beregn en global eller semiglobal sammenligning af
   to strenge
 * sqt-chars - tæl længden af det første ord på kommandolinjen
 * sqt-sam-cscq - tilføj CS- og CQ-mærker til en SAM-fil med
   farverumslæsninger
 * sqt-fastamutate - tilføj erstatninger og indels til sekvenser i en
   FASTA-fil
 * sqt-fastaextract - udtræk effektivt en eller flere regioner fra en
   indekseret FASTA-fil
 * sqt-translate - erstat tegn i FASTA-filer (som kommandoen »tr«)
 * sqt-sam-fixn - erstat alle ikke-ACGT-tegn i læsninger i en SAM-fil
 * sqt-sam-insertsize - gennemsnit og standard and standardafvigelse for
   paired-end insert-størrelser
 * sqt-sam-set-op - Set-operationer (union, intersection, ...) på
   SAM/BAM-filer
 * sqt-bam-eof - kontroller for End-Of-File-markeringen i komprimerede
   BAM-filer
 * sqt-checkfastqpe - kontroller om to FASTQ-filer indeholder korrekte
   parrede paired-end data.

Other Packages Related to python3-sqt

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download python3-sqt

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
mips64el 0.8.0-6+b1 106.6 kB426.0 kB [list of files]