Package: chimeraslayer (20101212+dfsg1-5)

[ Source: microbiomeutil  ]

Detekterer sandsynlige kimærer i PCR-amplificeret DNA

ChimeraSlayer er et kimære sekvensafsløringsredskab, kompatibelt med Sanger-sekvenser i næsten fuld længde og kortere 454-FLX-sekvenser (~500bp).

Chimera Slayer omfatter følgende række trin, der opererer til flag kimære 16S rRNA-sekvenser:

 1. Enderne af en forespørgselssekvens søges mod inkluderet database
    af reference kimære-frie 16S-sekvenser for at identificere potentielle
    forældre til en kimære
 2. Kandidatforældre til en kimære er valgt som de, der danner en
    forgrenet bedste point-tilpasning til den NAST-formaterede
    forespørgselssekvens
 3. NAST-tilpasningen af forespørgselssekvensen er forbedret i en
    »kimære-opmærksom« profilbaseret og ny NAST-sammenligning til de
    valgte referenceforældresekvenser
 4. En evolutionær ramme bruges til at flage forespørgselssekvenser
    som udviser større sekvenshomologi med en in silico-kimære dannet
    mellem to af de udvalgte referenceforældresekvenser

Hvis du vil køre Chimera Slayer, har du brug for NAST-formaterede sekvenser oprettet af redskabet nast-ier.

ChimeraSlayer er en del af programpakken microbiomeutil.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology

Other Packages Related to chimeraslayer

• dep: cdbfasta

  Constant DataBase-indekserings- og indhentelsesværktøj for multi-FASTA-filer

• dep: microbiomeutil-data

  Reference 16S-sekvenser og NAST-sammenligninger brugt af værktøjet microbiomeutil

• dep: ncbi-blast+-legacy

  NCBI Blast-forældet kaldskript

• rec: nast-ier

  NAST-baseret DNA-sammenligningsværktøj

Download chimeraslayer

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	33.4 kB	156.0 kB	[list of files]