Package: r-bioc-megadepth (1.8.0+ds-1)

[ Source: r-bioc-megadepth  ]

BioCOnductor BigWig og BAM-relaterede redskaber

Denne pakke tilbyder en R-grænseflade til Megadepth af Christopher Wilks tilgængelig på https://github.com/ChristopherWilks/megadepth. Den er speciel nyttig til at beregne dækningen af et sæt af genomregioner på tværs af BigWig- eller BAM-filer. Med denne pakke kan du bygge base-par dækningsmatricer for regioner eller annotationer efter eget valg fra BigWig-filer. Megadepth blev brugt til at oprette de rå filer tilbudt af <https://bioconductor.org/packages/recount3>.

Other Packages Related to r-bioc-megadepth

• dep: megadepth

  computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-cran-cmdfun

  GNI R framework for building interfaces to shell commands

• dep: r-cran-dplyr

  GNU R-grammatik for datamanipulering

• dep: r-cran-fs

  GNU R-filsystemoperationer på tværs af platform

• dep: r-cran-magrittr

  GNU R - operatør for fremadrettet datakanal

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-xfun

  Diverse GNU R-funktioner af »Yihui Xie«

• rec: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• sug: r-cran-covr

  test coverage for GNU R packages

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-sessioninfo

  R-sessioninformation

Download r-bioc-megadepth

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	86.3 kB	182.0 kB	[list of files]