Package: libgenomicsdb-java (1.4.4-3)

[ Source: genomicsdb  ]

Rumligt tabellagerbibliotek for genomics - Javabibliotek

GenomicsDB er bygget oven på en htslib-forgrening og et internet tabellagersystem for import, forespørgsel og transformering af variantdata. Variantdata er rumlige af natur (rumlige relativt til hele genomet) og brug af rumlige tabeldatalagre er en perfekt løsning for lagring af sådanne data.

GenomicsDB lagrer variantdata i en 2D-tabel hvor:

 - Hver kolonne svarer til en genomposition (kromosom + position)
 - Hver række svarer til en prøve i en VCF (eller CallSet i GA4GH-
   terminologi)
 - Hver celle indeholder data for en given prøve/CallSet på en given
   position; data er lagret i form af celleattributter
 - Celler er lagret  i kolonnerækkefølge - dette gør adgang til celler
   med det samme kolonneindeks (dvs. data for en given genomisk position
   over alle prøver) hurtig
 - Variantinterval/gVCF-intervaldata er lagret i en celle i begyndelsen af
   intervallet. END er lagret som en celleattribut. For variantintervaller
   (såsom sletninger og gVCF REF-blokke) bliver en yderligere celle lagret
   som END-værdien for variantintervallet. Når forespurgt om en given
   genomisk position, forespørgselsbiblioteket udfører en effektiv rydning
   for at bestemme alle intervaller, der har forbindelse med den
   forespurgte position.

Denne pakke indeholder Javabiblioteket.

Other Packages Related to libgenomicsdb-java

• dep: libcommons-io-java (>= 2.11.0)

  Gængse og nyttige IO-relaterede klasser

• dep: libgenomicsdb-jni (<< 1.4.4-3.1~)

  Rumligt tabellagerbibliotek for genomics - standardbindinger for Java

  dep: libgenomicsdb-jni (>= 1.4.4-3)

• dep: libgetopt-java

  GNU getopt - Javaport

• dep: libguava-java

  Suite of Google common libraries for Java

• dep: libhtsjdk-java (>= 3.0.2)

  Java API for høj-gennemløbs sekventeringsdata (HTS) - formater

• dep: libjson-simple-java

  Simple, lightweight and efficient JSON toolkit for Java

• dep: liblog4j2-java (>= 2.19.0)

  Apache Log4j - Logging Framework for Java

• dep: libprotobuf-java

  Javabindinger for protokolbuffere

• dep: libprotobuf-java-format-java (>= 1.3)

  Bibliotek til at serialisere protobuf-beskeder til XML, JSON og HTML

Download libgenomicsdb-java

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	382.4 kB	465.0 kB	[list of files]