Package: bolt-lmm (2.4.0+dfsg-1)

[ Source: bolt-lmm  ]

Effektiv stor kohorte-genom-bredt bayesiansk blandet-model tilknytningstest

BOLT-LMM-programpakken består i øjeblikket af to hovedalgoritmer, BOLT-LMM-algoritmen for blandet model tilknytningstest og BOLT-REML-algoritmen til varianskomponentanalyse (d.v.s. partitionering af sNP-xx og estimering af genetiske korrelationer).

BOLT-LMM-algoritmen beregner statistik for testassociation mellem fænotype og genotyper via en lineær blandet model. Som standard antager BOLT-LMM en bayesiansk mixture-of-normals før den vilkårlige effekt attribueret til SNP'er udover den under test. Denne model generaliserer standardmodellen infinitesimal blandetl, der anvendes af tidligere blandede modelassociationsmetoder, der giver mulighed for øget sandsynlighed for at registrere associationer, mens falske positiver styres. Derudover anvender BOLT-LMM algoritmefremskridt til at beregne blandet modelassocitaionsstatistik meget hurtigere end eigendecomposition-baserede metoder, både når du bruger den bayesiske blandingsmodel, og når du er specialiseret i standard blandet modelassociation.

BOLT-REML-algoritmen estimerer arvelighed forklaret af genotypet SNP'er og genetiske korrelationer blandt flere træk målt på det samme sæt af individer. BOLT-REML anvender varianskomponentanalyse til at udføre disse opgaver, understøttende både modelopbygning i flere komponenter for at partitionere SNP-arvelighed og multi-trait til at estimere korrelationer. BOLT-REML anvender en Monte Carlo-algoritme som er meget hurtigere end eigendecompostion-baserede metoder for varianskomponentanalyse på store prøvestørrelser.

Other Packages Related to bolt-lmm

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

  nonlinear optimization library

• dep: libopenblas0

  Optimized BLAS (linear algebra) library (meta)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: bolt-lmm-doc

  Package not available

Download bolt-lmm

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	355.8 kB	987.0 kB	[list of files]