Package: augur (20.0.0-1)

[ Source: augur  ]

Datakanalkomponenter for realtids viraanalyse

Projektet nextstrain er et forsøg på at lave fleksible informatik-datakanaler og visualiseringsværktøjer til at registrere igangværende patogenevolution mens sekvensdata sammenføjes. Projektet nextstrain er afledt af nextflu, som var specifik for influenza-evolution.

Nextstrain består af tre komponenter:

 * fauna: database og IO-skripter for sekvens- og serologiske data
 * augur: informatikdatakanaler til at udføre slutninger fra rå data
 * auspice: internetprogram til at visualisere medfølgende slutninger

Other Packages Related to augur

• dep: fasttree

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• dep: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-bcbio-gff

  Python 3-bibliotek til at læse og skrive Generic Feature Format

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-boto3

  Pythongrænseflade til Amazons nettjenester - Python 3.x

• dep: python3-cvxopt

  Python 3-pakke for konveks optimering

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• dep: python3-ipdb

  IPython-baseret pdb-erstatning - Python 3-version

• dep: python3-isodate

  ISO 8601 dato/tid/varighedsfortolker og formateringsprogram - Python 3-modul

• dep: python3-jsonschema

  An(other) implementation of JSON Schema (Draft 3, 4, 6, 7)

• dep: python3-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil svarende til Matlab - Python 3

• dep: python3-networkx

  Værktøj til at oprette, manipulere og studere komplekse netværk - Python 3

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-packaging

  Grundlæggende redskaber for Python 3-pakker

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-pyfastx

  Hurtig vilkårlig adgang til sekvenser fra FASTA/Q-fil - Python 3-modul

• dep: python3-schedule

  Jobplanlægning for mennesker - Python 3

• dep: python3-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: python3-seaborn

  Statistisk visualiseringsbibliotek for Python 3

• dep: python3-treetime (>= 0.9.4)

  Inferens af tidsstemplede fylogenier og forfædres rekonstruktion - Python 3

• dep: python3-xopen (>= 1.7.0-1~)

  Python3 module to open compressed files transparently

• dep: python3-zstandard

  Pythonbindinger for en grænseflade med Zstandard-biblioteket

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• dep: seqmagick

  Imagemagick-lignende brugerflade til Biopython SeqIO

• dep: vcftools

  Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer

• rec: iqtree

  Effektivt fylogenetisk program ved maksimal sandsynlighed

Download augur

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	182.9 kB	829.0 kB	[list of files]