Package: atac (0~20150903+r2013-8 and others)

[ Source: kmer  ]

Samling til samling-sammenligning for genomer

Atac beregner en en til en-parvis sammenligning af store DNA-sekvenser. Den første finder de unikke k-mers i hver sekvens, kæder dem til større blokke og udfylder rummet mellem blokkene. Programmet blev skrevet primært til at overføre annotationer mellem forskellige samlinger af det menneskelige genom.

Uddata er et sæt af ikke sammenlignelige »match«, og et sæt af sammenlignelige »kørsler« formet fra matchene. Hver match eller kørsel associerer en sekvens med den anden sekvens. Associationen er »unik« på den måde, at der er ingen andre (af samme størrelse) associationer for nogen af sekvenserne. Store gentagelser og dubletter er derfor ikke til stede i resultatet - de fremstår som regioner uden oversættelse.

Selvom uddata altid er parvis, så kan atac mellemlagre mellemliggende resultater til at øge hastigheden for en sammenligning af flere sekvenser.

Denne pakke er en del af Kmer-programpakken.

Other Packages Related to atac

• dep: gnuplot

  Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: leaff

  Redskaber og programmer for biologisk sekvensbibliotek

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfile-which-perl

  Perlmodul for søgning i stier efter kørbare programmer

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: meryl

  Tælning og redskaber til ind og ud af kerne i kmer

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3.11

  Interactive high-level object-oriented language (version 3.11)

• rec: kmer-examples

  Prøvedata for kmer-værktøjspakken for DNA-sekvensanalyse

Download atac

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armhf	0~20150903+r2013-8+b3	338.2 kB	2,763.0 kB	[list of files]