Package: wigeon (20101212+dfsg1-5)

[ Source: microbiomeutil  ]

Ny implementering af Pintail 16S-detektionsredskabet for DNA-anamolier

WigeoN undersøger sekvensbevarelse mellem en forespørgsel og en troværdig referencesekvens, begge i NAST-sammenligningsformat. Baseret på sekvensidentiteten mellem forespørgslen og referencesekvensen, er der en forventet mængde af variation blandt sammenligningen. Hvis den observerede variation er større end 95 %-kvartilen for distributionen af variation observeret mellem sekvenser der ikke er unormale, så registreres det som en anomali.

WigeoN er en ny implementering af den fleksible kommandolinjebaserede Pintail-algoritme Appl Environ. Microbiol. 2005 Dec;7112:7724-36.

WigeoN er kun nyttig til registrering af kimærer og anomalier i næsten fuldlængde 16S rRNA-sekvenser. WigeoN mangler sensitivitet med sekvenser mindre end 1.000 bp.

For at afvikle WigeoN skal du bruge NAST-formaterede sekvenser oprettet af redskabet nast-ier.

WigeoN er en del af programpakken microbiomeutil.

Other Packages Related to wigeon

• dep: microbiomeutil-data

  Reference 16S-sekvenser og NAST-sammenligninger brugt af værktøjet microbiomeutil

• rec: nast-ier

  NAST-baseret DNA-sammenligningsværktøj

Download wigeon

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	29.0 kB	169.0 kB	[list of files]