Package: segemehl (0.3.4-5)

[ Source: segemehl  ]

Kort læs-kortlægning med gaps

Segemehl er et program til kortlægning af korte sekvenslæsninger som referencegenomer. Segemehl implementerer en matchende strategi baseret på forbedret suffikstabeller (ESA). Segemehl accepterer fasta og hurtige forespørgsler (gzip'ede og bgzip'ede). Udover opstillingen af ​​læsninger fra DNA- og RNA-seq protokoller, tillader det også kortlægning af bisulfitomdannede læsninger (Lister og Cokus) og implementerer en split-read kortlægningsstrategi. Resultatet fra Segemehl er en SAM eller BAM formateret sammenligningsfil. I tilfælde af split-read-kortlægning, er yderligere BED-filer skrevet til disk. Disse BED-filer kan opsummeres med efterbehandlingsværktøjet haarz. I tilfælde af justering af bisulfit-konverterede læsninger kan rå methyleringshastigheder også kaldes med haarz.

Kort sagt, for hvert suffiks af en læsning forsøger Segemehl at finde den bedst bedømmende seed. Seed kan indeholde indsætninger, sletninger og uoverensstemmelser (forskelle). Antallet af forskelle tilladt i en enkelt seed er brugerstyret og er afgørende for kørselstiden af programmet. Derefter sendes seed, der underkaster den brugerdefinerede E-værdi til en præcis semiglobal sammenligningsprocedure. Læser med en minimumsnøjagtighed

 i procent rapporteret til brugeren.

Tags: Interface Toolkit: Ncurses TUI

Other Packages Related to segemehl

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.2.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download segemehl

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	236.8 kB	1,096.0 kB	[list of files]