Package: python3-sqt (0.8.0-6 and others)

[ Source: python-sqt  ]

SeQuencing-værktøjer for biologiske DNA/RNA-data med høj gennemløb

Sqt er en samling af kommandolinjeværktøjer til arbejdet med sekvensdata med høj gennemløb. Er i konceptet ikke låst til et bestemt sprog, mange sqt-underkommandoer er i øjeblikket implementeret i Python. For dem er en Pythonpakke tilgængelig med funktioner til at læse og skrive FASTA/FASTQ-filer, beregne sammenligninger, kvalitetstilpasning etc.

De følgende værktøjer tilbydes:

 * sqt-coverage - beregn per reference-statistik såsom dækning og GC-
   indhold
 * sqt-fastqmod - FASTQ-ændringer: forkort, undersæt, omvendt komplement,
   kvalitetstilpasning
 * sqt-fastastats - beregn N50, min/maks længde, GC-indhold etc. for en
   FASTA-fil
 * sqt-qualityguess - gæt kvalitetskodning for en eller flere FASTA-filer
 * sqt-globalalign - beregn en global eller semiglobal sammenligning af
   to strenge
 * sqt-chars - tæl længden af det første ord på kommandolinjen
 * sqt-sam-cscq - tilføj CS- og CQ-mærker til en SAM-fil med
   farverumslæsninger
 * sqt-fastamutate - tilføj erstatninger og indels til sekvenser i en
   FASTA-fil
 * sqt-fastaextract - udtræk effektivt en eller flere regioner fra en
   indekseret FASTA-fil
 * sqt-translate - erstat tegn i FASTA-filer (som kommandoen »tr«)
 * sqt-sam-fixn - erstat alle ikke-ACGT-tegn i læsninger i en SAM-fil
 * sqt-sam-insertsize - gennemsnit og standard and standardafvigelse for
   paired-end insert-størrelser
 * sqt-sam-set-op - Set-operationer (union, intersection, ...) på
   SAM/BAM-filer
 * sqt-bam-eof - kontroller for End-Of-File-markeringen i komprimerede
   BAM-filer
 * sqt-checkfastqpe - kontroller om to FASTQ-filer indeholder korrekte
   parrede paired-end data.

Other Packages Related to python3-sqt

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-cutadapt

  Rens biologiske sekvenser fra sekvenslæsninger med høj gennemløb - Python 3

• dep: python3-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil svarende til Matlab - Python 3

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-seaborn

  Statistisk visualiseringsbibliotek for Python 3

• dep: python3-xopen

  Python3 module to open compressed files transparently

• rec: fonts-noto-color-emoji

  Emoji-skriftype med farver fra Google

Download python3-sqt

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armel	0.8.0-6+b1	106.2 kB	370.0 kB	[list of files]