Package: python3-dna-jellyfish (2.3.0-15 and others)
Links for python3-dna-jellyfish
Debian Resources:
Download Source Package jellyfish:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Shaun Jackman (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
- Étienne Mollier (QA Page)
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Tæl k-mers i DNA-sekvenser - Pythonbindinger for jellyfish
JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.
JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.
Denne pakke indeholder Pythonbindingerne for jellyfish.
Other Packages Related to python3-dna-jellyfish
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0)
- Tæl k-mers i DNA-sekvenser - dynamisk bibliotek for jellyfish
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.12)
- dep: python3 (>= 3.11~)
Download python3-dna-jellyfish
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| armel | 2.3.0-15+b3 | 51.9 kB | 168.0 kB | [list of files] |