Visuelt sammenligne bakterie-, plasmid-, chloroplast- eller mitokondrie sekvenser
CGView Comparison Tool (CCT) er en pakke til visuelt at sammenligne
bakterie-, plasmid-, chloroplast- eller mitokondrie-sekvenser af interesse
for eksisterende genomer eller sekvenssamlinger. Sammenligningerne udføres
via BLAST og BLAST-resultaterne præsenteres i form af grafiske kort, som
også kan vise sekvensfunktioner, gen- og proteinnavne,
COG-kategoritildelinger og sekvenssammensætningskarakteristika. CCT kan
oprette kort i en række størrelser, inklusive 400 Megapixel kort egnet for
plakater. Sammenligninger kan udføres indenfor en bestemt art eller
familie, eller alle tilgængelige genomer kan bruges. Hele
kortoprettelsesprocessen, fra at hente sekvenser til at gentegne kort med
zoom, kan nemt fuldføres via skripter inkluderet i CCT'en. Brugerdefinerede
funktioner eller analyseresultater kan inkluderes på kort, og kort kan
tilpasses på mange måder. For at forenkle programopsætning er en
CCT-virtuel maskine, som inkluderer alle afhængigheder installeret på
forhånd tilgængelig. Detaljerede øvelser, der illustrerer brugen af CCT, er
indeholdt i CCT-dokumentationen.
