Package: python3-nanoget (1.16.1-2)

[ Source: python-nanoget  ]

Udtræk information fra Oxford Nanopore-sekventeringsdata og sammenligninger

Python 3-modulet nanoget tilbyder funktioner til at udtrække nyttige målinger fra Oxford Nanopore-sekventeringslæsninger og sammenligninger.

Data kan præsenteres i de følgende formater, via de følgende funktioner:

 * sorteret bam-fil process_bam(bamfile, threads)
 * fastq-standardfil process_fastq_plain(fastqfile, 'threads')
 * fastq-fil med metadata fra MinKNOW eller Albacore
   process_fastq_rich(fastqfile)
 * sequencing_summary-fil oprettet af Albacore
   process_summary(sequencing_summary.txt, 'readtype')

Fastq-filer kan komprimeres via gzip, bzip2 eller bgzip. Dataene er returneret som en pandas DataFrame med standardiseret teksthovednavne for praktisk udfordring. Funktionerne udfører logning mens de kaldes og udtrækker data.

Other Packages Related to python3-nanoget

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-nanomath

  simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

Download python3-nanoget

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	11.1 kB	51.0 kB	[list of files]