Package: toppred (1.10-10)
Links for toppred
Debian Resources:
Download Source Package toppred:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Forudsigelse af transmembrantopologi
Toppred er et program til at bestemme topologien for et transmembranprotein baseret på G. von Heijne-algoritmen.
Hver sekvens fra sekvensdata i formatet fasta behandles og toppred opretter Hydrophobycity-profilen for sekvensen og de tilsvarende hydrophobycities-værdier i filsekvensen sequence-ID.hydro.
Derudover, de forudsagte topologier repræsenteres som png-billeder. Hver topologi lagres i filen sequence-ID-number.png.
Hydrophobicity-profilen beregnes via et vindue formet af en kernerektangulært vinduesstørrelse på n, flankeret af to triangulære vinduer med størrelsen q. NB rektangulær og triangulær betyder at ponderationværdierne inden i disse vinduer er respektivt konstant og variabel.
Dette program er en ny implementering af det originale toppredprogram, baseret på G. von Heijne-algoritmen.
Other Packages Related to toppred
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)
- GD-grafikbibliotek
Download toppred
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 43.4 kB | 213.0 kB | [list of files] |