Package: soapaligner (2.20-5)

[ Source: soapaligner  ]

Sammenligning af korte læsninger for næste generations sekvensere

Denne pakke adresserer en fælles problem i bioinformatik, som er blevet rutine nu også i klinisk forskning: samlingen og sammenligningen af de meget lange genom-DNA-sekvenser fra mange korte læsninger, som maskinerne tilbyder.

SOAPaligner/soap2 er et medlem af Short Oligonucleotide Analysis Package (SOAP) og en opdateret version af SOAP-programmet for short oligonucleotide alignment (soap v1). Det nye program har super hurtig og præcis sammenligning for store mængder af korte læsninger oprettet af Illumina/Solexa Genome Analyzer. Sammenlignet med soap v1, er den en størrelsesorden hurtigere. Den kræver kun 2 minutter til at sammenligne en million single-end-læsninger i det menneskelige referencegenom. En anden imponerende forbedring af SOAPaligner er, at den nu understøtter en bred vifte af læselængder.

SOAPaligner/soap2 har haft fordel i form af tid og pladseffektivitet via en revolution i de grundlæggende datastrukturer og algoritmer anvendt. Grundalgoritmerne og de indekserende datastrukturer (2way-BWT) er udviklet af algoritmeforskningsgruppen hos Department of Computer Science, University of Hong Kong (T.W. Lam, Alan Tam, Simon Wong, Edward Wu og S.M. Yiu).

Other Packages Related to soapaligner

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

Download soapaligner

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	50.0 kB	116.0 kB	[list of files]