Package: r-bioc-tfbstools (1.36.0+dfsg-2)

[ Source: r-bioc-tfbstools  ]

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

TFBSTools er en pakke for analyse og manipulation af transkriptionsfaktorbindingssider. Det indeholder matricekonvertering mellem Position Frequency Matirx (PFM), Position Weight Matirx (PWM) og Information Content Matrix (ICM). Kan også skanne putative TFBS fra sekvens/sammenligning, forespørge JASPAR-database og tilbyder et omslag for de novo motif-registreringsprogrammer.

Other Packages Related to r-bioc-tfbstools

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.28)

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.14.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.2.21)

  BioConductor - faciliteter for parallel evulering

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.36.4)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.36.3)

  BioConductor-infrastruktur for Biostrings-baserede arvemassepakker

• dep: r-bioc-cner (>= 1.4.0)

  CNE-registrering og visualisering

• dep: r-bioc-dirichletmultinomial (>= 1.10.0)

  Dirichlet-Multinomial Mixture Model Machine Learning for Microbiome Data

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.6.1)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.20.6)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.2.7)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.28.10)

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-seqlogo (>= 1.34.0)

  GNU R-sekvensloggoer for DNA-sekvenssammenligninger

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.8.0)

  BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser

• dep: r-cran-catools (>= 1.17.1)

  GNU R package providing various utility functions

• dep: r-cran-dbi (>= 0.6)

  GNU R-pakke der tilbyder en generisk databasegrænseflade

• dep: r-cran-gtools (>= 3.5.0)

  GNU R-pakke med R-programmeringsværktøjer af Greg Warnes med flere

• dep: r-cran-rsqlite (>= 1.0.0)

  Database Interface R-driver for SQLite

• dep: r-cran-tfmpvalue (>= 0.0.5)

  GNU R P-Value Computation for Position Weight Matrices

• dep: r-cran-xml (>= 3.98-1.3)

  GNU R-pakke for XML-fortolkning og oprettelse

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 1.7.7)

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-cran-knitr (>= 1.11)

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-bioc-tfbstools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	988.0 kB	1,853.0 kB	[list of files]