Package: fastahack (1.0.0+dfsg-10)

[ Source: libfastahack  ]

Redskab for indeksering og sekvensudtrækning fra FASTA-filer

Fastahack er et lille program til indeksering og udtrækning af sekvenser og undersekvenser fra FASTA-filer. Det inkluderede Fasta.cpp-bibliotek tilbyder en FASTA-læser og et indeksprogram, som kan indlejres i programmer, som vil have nytte af direkte læsning af undersekvenser fra FASTA-filer. Biblioteket håndterer automatisk oprettelse af indeksfil og brug.

Funktioner:

 * FASTA-indeksoprettelse (.fai) for FASTA-filer
 * Sekvensudtrækning
 * Undersekvensudtrækning
 * Sekvensstatistik (i øjeblikket er kun entropi indeholdt)

Sekvens- og undersekvensudtrækning bruger fseek64 til at tilbyde hurtigst mulig udtrækning uden RAM-intensive operationer for filindlæsning. Dette gør fastahack til et nyttigt værktøj for bioinformatikere, som hurtigt skal udtrække mange undersekvenser fra en FASTA-referencesekvens.

Other Packages Related to fastahack

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  Bibliotek for entropimåling af bytestrømme

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

  Bibliotek for indeksering og sekvensudtrækning fra FASTA-filer - bibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download fastahack

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	12.4 kB	44.0 kB	[list of files]