Package: trimmomatic (0.39+dfsg-2)

[ Source: trimmomatic  ]

Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data

Trimmomatic udfører en række nyttige trimningsopgaver for illumina-parret-end og enkelt sluttede data. Udvalget af trimningstrin og deres associerede parametre angives på kommandolinjen.

De nuværende trimningstrin er:

 * ILLUMINACLIP: Klip adapter og andre illumina-specifikke sekvenser
   fra læsningen.
 * SLIDINGWINDOW: Udfør en glidende vinduestrimning, der klipper når
   først gennemsnitskvaliteten i vinduet går under en tærskel.
 * LEADING: Klip baser væk fra begyndelsen af en læsning, hvis under en
   tærskelkvalitet
 * TRAILING: Klip baser væk i slutningen af læsningen, hvis under en
   tærskelkvalitet
 * CROP: Klip læsningen til en specificeret længde
 * HEADCROP: Klip det angivne antal baser fra begyndelsen af læsningen
 * MINLENGTH: Drop læsningen hvis den er under en angivet længde
 * TOPHRED33: Konverter kvalitetsbedømmelser til Phred-33
 * TOPHRED64: Konverter kvalitetsbedømmelser til Phred-64

Programmet fungerer med FASTQ (bruger phred + 33 eller phred + 64 kvalitetsbedømmelser afhængig af den anvendte Illuminadatakanal), enten uden komprimering eller gzipp'et FASTQ. Brug af gzip-formatet bestemmes baseret på .gz-udvidelsen.

Other Packages Related to trimmomatic

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libjbzip2-java

  Bzip2-kompression/dekompression - bibliotek

Download trimmomatic

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	740.1 kB	785.0 kB	[list of files]