Package: exonerate (2.4.0-5 and others)

[ Source: exonerate  ]

obecný nástroj pro párové porovnávání sekvencí

Exonerate umožňuje porovnávání sekvencí pomocí mnoha alignmentových modelů, buď úplným dynamickým programováním (exhaustive dynamic programming), nebo nejrůznějšími heuristikami. Většina z funkcí Wise dynamic programming suite byla znovuimplementována v C pro větší efektivitu. Exonerate je nástroj používaný při tvorbě genomových databází Ensembl, poskytující skóre podobnosti RNA a DNA sekvencí a tím určující sestřihové varianty a kódující sekvence obecně.

In-silico PCR Experiment Simulation System (podívejte se na manuálovou stránku ipcress) je balen spolu s exonerate.

Tento balíček obsahuje také výběr nástrojů pro rychlé provádění jednoduchých operací s fasta soubory větčími než 2GB.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::TODO, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to exonerate

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3)

  GLib library of C routines

• sug: wise

  comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

• enh: bioperl-run

  BioPerl wrappers: scripts

Download exonerate

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
i386	2.4.0-5+b1	2,028.0 kB	10,410.0 kB	[list of files]