Пакет: smalt (0.7.6-13)

[ Източник: smalt  ]

Sequence Mapping and Alignment Tool

SMALT efficiently aligns DNA sequencing reads with a reference genome. Reads from a wide range of sequencing platforms, for example Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio or ABI-Sanger, can be processed including paired reads.

The software employs a perfect hash index of short words (< 20 nucleotides long), sampled at equidistant steps along the genomic reference sequences.

For each read, potentially matching segments in the reference are identified from seed matches in the index and subsequently aligned with the read using a banded Smith-Waterman algorithm.

The best gapped alignments of each read is reported including a score for the reliability of the best mapping. The user can adjust the trade-off between sensitivity and speed by tuning the length and spacing of the hashed words.

A mode for the detection of split (chimeric) reads is provided. Multi-threaded program execution is supported.

Други пакети, свързани с smalt

• dep: libbambamc0 (>= 0.0.50)

  Runtime library for reading and writing BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  compression library - runtime

Изтегляне на smalt

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	107,4 кБ	342,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	112,1 кБ	306,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	102,1 кБ	342,0 кБ	[списък на файловете]
armel	97,2 кБ	272,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	95,9 кБ	200,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	110,0 кБ	298,0 кБ	[списък на файловете]
i386	124,1 кБ	344,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	143,4 кБ	547,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	96,0 кБ	268,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	106,4 кБ	362,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	122,6 кБ	534,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	123,2 кБ	406,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	112,6 кБ	250,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	113,7 кБ	326,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	119,7 кБ	276,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	91,4 кБ	2 073,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	111,7 кБ	296,0 кБ	[списък на файловете]