Пакет: libgenomicsdb-jni (1.5.4-4)

[ Източник: genomicsdb  ]

sparse array storage library for genomics (Java native bindings)

GenomicsDB is built on top of a htslib fork and an internal array storage system for importing, querying and transforming variant data. Variant data is sparse by nature (sparse relative to the whole genome) and using sparse array data stores is a perfect fit for storing such data.

The GenomicsDB stores variant data in a 2D array where:

 - Each column corresponds to a genomic position (chromosome + position);
 - Each row corresponds to a sample in a VCF (or CallSet in the GA4GH
   terminology);
 - Each cell contains data for a given sample/CallSet at a given position;
   data is stored in the form of cell attributes;
 - Cells are stored in column major order - this makes accessing cells with
   the same column index (i.e. data for a given genomic position over all
   samples) fast.
 - Variant interval/gVCF interval data is stored in a cell at the start of the
   interval. The END is stored as a cell attribute. For variant intervals
   (such as deletions and gVCF REF blocks), an additional cell is stored at
   the END value of the variant interval. When queried for a given genomic
   position, the query library performs an efficient sweep to determine all
   intervals that intersect with the queried position.

This package contains the Java native bindings.

Други пакети, свързани с libgenomicsdb-jni

• dep: libc6 (>= 2.32) [не alpha, m68k, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [не armel, armhf]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgenomicsdb1 (= 1.5.4-4)

  sparse array storage library for genomics (shared libraries)

• dep: libprotobuf23 (>= 3.12.4) [alpha]

  protocol buffers C++ library

• dep: libprotobuf32t64 (>= 3.21.12) [не alpha]

  protocol buffers C++ library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ Library v3

Изтегляне на libgenomicsdb-jni

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	80,1 кБ	372,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	81,1 кБ	346,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	75,2 кБ	370,0 кБ	[списък на файловете]
armel	44,1 кБ	177,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	44,0 кБ	177,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	76,9 кБ	321,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	78,5 кБ	388,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	82,3 кБ	434,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	81,2 кБ	434,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	81,4 кБ	305,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	80,3 кБ	349,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	91,8 кБ	370,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	67,7 кБ	1 079,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	83,6 кБ	325,0 кБ	[списък на файловете]