Пакет: jellyfish1 (1.1.11-4)
Връзки за jellyfish1
Ресурси за Debian:
- Доклади за грешки
- Developer Information
- Журнал на промените в Debian
- Авторски права
- Управление на кръпките в Debian
Изтегляне на пакет-източник jellyfish1.
Отговорници:
- Debian Med Packaging Team (Страница за QA, Пощенски архив)
- Shaun Jackman (Страница за QA)
- Andreas Tille (Страница за QA)
Външни препратки:
- Начална страница [www.cbcb.umd.edu]
Подобни пакети:
count k-mers in DNA sequences
JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.
JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.
This is the latest version of the 1.x series of jellyfish which is used by some other applications that are not compatible with version 2.x which is provided inside the jellyfish package.
Други пакети, свързани с jellyfish1
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
- dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]
- GCC support library
- dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- enh: kraken
- assigning taxonomic labels to short DNA sequences
Изтегляне на jellyfish1
Архитектура | Големина на пакета | Големина след инсталиране | Файлове |
---|---|---|---|
amd64 | 144,6 кБ | 684,0 кБ | [списък на файловете] |
arm64 | 135,7 кБ | 635,0 кБ | [списък на файловете] |
armhf | 135,6 кБ | 551,0 кБ | [списък на файловете] |
i386 | 161,6 кБ | 711,0 кБ | [списък на файловете] |