Пакунок: e-mem (1.0.1-5)

[ Source: e-mem  ]

Efficient computation of Maximal Exact Matches for very large genomes

E-MEM enables efficient computation of Maximal Exact Matches (MEMs) that does not use full text indexes. The algorithm uses much less space and is highly amenable to parallelization. It can compute all MEMs of minimum length 100 between the whole human and mouse genomes on a 12 core machine in 10 min and 2 GB of memory; the required memory can be as low as 600 MB. It can run efficiently genomes of any size. Extensive testing and comparison with currently best algorithms is provided.

Mummer has many different scripts where one of the key program is MEM computation. In all the scripts, the MEM computation program can be replaced with e-mem with ease for better performance.

Інші пакунки пов'язані з e-mem

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• enh: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

Завантажити e-mem

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	34.0 kB	106.0 kB	[список файлів]
arm64	31.0 kB	94.0 kB	[список файлів]
armel	33.9 kB	101.0 kB	[список файлів]
armhf	33.6 kB	81.0 kB	[список файлів]
i386	40.2 kB	117.0 kB	[список файлів]
mips64el	33.7 kB	117.0 kB	[список файлів]
ppc64el	34.5 kB	162.0 kB	[список файлів]
s390x	31.5 kB	102.0 kB	[список файлів]