Пакунок: umis (1.0.9-1 and others)

[ Source: umis  ]

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Інші пакунки пов'язані з umis

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.13) [not hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (<< 3.8) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.12~) [not hppa, ia64, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (>= 3.7~) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-regex

  alternative regular expression module (Python 3)

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

• dep: python3-toolz

  List processing tools and functional utilities

• sug: umis-examples

  tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

Завантажити umis

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	1.0.9-1+b1	31.4 kB	159.0 kB	[список файлів]
amd64	1.0.9-1+b1	31.5 kB	134.0 kB	[список файлів]
arm64	1.0.9-1+b1	30.5 kB	158.0 kB	[список файлів]
armel	1.0.9-1+b1	30.8 kB	124.0 kB	[список файлів]
armhf	1.0.9-1+b1	29.6 kB	117.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	1.0.3-1	24.9 kB	112.0 kB	[список файлів]
i386	1.0.9-1+b1	32.4 kB	133.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	1.0.9-1	28.3 kB	124.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	1.0.9-1+b1	29.5 kB	124.0 kB	[список файлів]
mips64el	1.0.9-1+b1	30.6 kB	160.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	1.0.3-1	24.7 kB	156.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1.0.9-1+b1	32.3 kB	158.0 kB	[список файлів]
riscv64	1.0.9-1+b2	30.8 kB	122.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	1.0.9-1+b1	31.7 kB	157.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	1.0.3-1	24.0 kB	118.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	1.0.9-1+b1	31.4 kB	129.0 kB	[список файлів]