[ Source: umis ]
Пакунок: umis (1.0.9-1 and others)
Links for umis
Debian Resources:
Download Source Package umis:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
tools for processing UMI RNA-tag data
Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.
There are four steps in this process.
1. Formatting reads 2. Filtering noisy cellular barcodes 3. Pseudo-mapping to cDNAs 4. Counting molecular identifiers
Інші пакунки пов'язані з umis
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.12) [ia64]
- dep: python3 (<< 3.13) [not hppa, ia64, ppc64, sparc64]
- dep: python3 (<< 3.8) [hppa, ppc64, sparc64]
- dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]
- dep: python3 (>= 3.12~) [not hppa, ia64, ppc64, sparc64]
- dep: python3 (>= 3.7~) [hppa, ppc64, sparc64]
-
- dep: python3-click
- Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x
-
- dep: python3-pandas
- data structures for "relational" or "labeled" data
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-regex
- alternative regular expression module (Python 3)
-
- dep: python3-scipy
- scientific tools for Python 3
-
- dep: python3-toolz
- List processing tools and functional utilities
-
- sug: umis-examples
- tools for processing UMI RNA-tag data (examples)
Завантажити umis
Архітектура | Версія | Розмір пакунка | Розмір після встановлення | Файли |
---|---|---|---|---|
alpha (unofficial port) | 1.0.9-1+b1 | 31.4 kB | 159.0 kB | [список файлів] |
amd64 | 1.0.9-1+b1 | 31.5 kB | 134.0 kB | [список файлів] |
arm64 | 1.0.9-1+b1 | 30.5 kB | 158.0 kB | [список файлів] |
armel | 1.0.9-1+b1 | 30.8 kB | 124.0 kB | [список файлів] |
armhf | 1.0.9-1+b1 | 29.6 kB | 117.0 kB | [список файлів] |
hppa (unofficial port) | 1.0.3-1 | 24.9 kB | 112.0 kB | [список файлів] |
i386 | 1.0.9-1+b1 | 32.4 kB | 133.0 kB | [список файлів] |
ia64 (unofficial port) | 1.0.9-1 | 28.3 kB | 124.0 kB | [список файлів] |
m68k (unofficial port) | 1.0.9-1+b1 | 29.5 kB | 124.0 kB | [список файлів] |
mips64el | 1.0.9-1+b1 | 30.6 kB | 160.0 kB | [список файлів] |
ppc64 (unofficial port) | 1.0.3-1 | 24.7 kB | 156.0 kB | [список файлів] |
ppc64el | 1.0.9-1+b1 | 32.3 kB | 158.0 kB | [список файлів] |
riscv64 | 1.0.9-1+b2 | 30.8 kB | 122.0 kB | [список файлів] |
sh4 (unofficial port) | 1.0.9-1+b1 | 31.7 kB | 157.0 kB | [список файлів] |
sparc64 (unofficial port) | 1.0.3-1 | 24.0 kB | 118.0 kB | [список файлів] |
x32 (unofficial port) | 1.0.9-1+b1 | 31.4 kB | 129.0 kB | [список файлів] |