Пакунок: abpoa (1.5.3-1)

[ Source: abpoa  ]

adaptive banded Partial Order Alignment

abPOA is an extended version of Partial Order Alignment (POA) that performs adaptive banded dynamic programming (DP) with an SIMD implementation. abPOA can perform multiple sequence alignment (MSA) on a set of input sequences and generate a consensus sequence by applying the heaviest bundling algorithm to the final alignment graph.

abPOA can generate high-quality consensus sequences from error-prone long reads and offer significant speed improvement over existing tools.

abPOA supports three alignment modes (global, local, extension) and flexible scoring schemes that allow linear, affine and convex gap penalties. It right now supports SSE2/SSE4.1/AVX2 vectorization.

For more information please refer to the paper[1] published in Bioinformatics.

[1]: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa963

Інші пакунки пов'язані з abpoa

• dep: graphviz

  Багатий набір інтрументів для візуалізації діаграм

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити abpoa

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
ppc64el	129.0 kB	400.0 kB	[список файлів]