Пакунок: nanopolish (0.14.0-1 and others) [debports]

[ Source:  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Інші пакунки пов'язані з nanopolish

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1t64

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: libunwind8

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  Утиліта управління компіляцією

• sug: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

Завантажити nanopolish

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
ia64 (unofficial port)	0.14.0-1+b1	2,281.9 kB	10,820.0 kB	[список файлів]