Пакунок: hinge (0.5.0-7) [debports]

[ Source:  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Інші пакунки пов'язані з hinge

• dep: daligner

  Вирівнювання довгих нуклеотидних послідовностей

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-colormap

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pbcore

  Python 3 library for processing PacBio data files

• dep: python3-ujson

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити hinge

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	478.9 kB	3,840.0 kB	[список файлів]