Пакунок: ssake (4.0-2)

[ Source: ssake  ]

genomics application for assembling millions of very short DNA sequences

The Short Sequence Assembly by K-mer search and 3′ read Extension (SSAKE) is a genomics application for aggressively assembling millions of short nucleotide sequences by progressively searching for perfect 3′-most k-mers using a DNA prefix tree. SSAKE is designed to help leverage the information from short sequences reads by stringently clustering them into contigs that can be used to characterize novel sequencing targets.

Tags: Field: Biology, Implemented in: Perl, implemented-in::python, interface::commandline, User Interface: Command Shell, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Analysing

Інші пакунки пов'язані з ssake

• dep: libperl4-corelibs-perl

  Бібліотеки, що історично постачались з Perl 4

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: python

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (гілка 2.x)

• sug: ssake-examples

  example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads

Завантажити ssake

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
all	48.4 kB	213.0 kB	[список файлів]