Пакунок: python-biom-format (2.1.7+dfsg-2)

[ Source: python-biom-format  ]

Biological Observation Matrix (BIOM) format (Python 2)

The BIOM file format (canonically pronounced biome) is designed to be a general-use format for representing biological sample by observation contingency tables. BIOM is a recognized standard for the Earth Microbiome Project and is a Genomics Standards Consortium candidate project.

The BIOM format is designed for general use in broad areas of comparative -omics. For example, in marker-gene surveys, the primary use of this format is to represent OTU tables: the observations in this case are OTUs and the matrix contains counts corresponding to the number of times each OTU is observed in each sample. With respect to metagenome data, this format would be used to represent metagenome tables: the observations in this case might correspond to SEED subsystems, and the matrix would contain counts corresponding to the number of times each subsystem is observed in each metagenome. Similarly, with respect to genome data, this format may be used to represent a set of genomes: the observations in this case again might correspond to SEED subsystems, and the counts would correspond to the number of times each subsystem is observed in each genome.

This package provides the BIOM format library for the Python 2 interpreter.

Інші пакунки пов'язані з python-biom-format

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [not arm64]

• dep: pyqi

  Python framework for wrapping general commands in multiple interfaces

• dep: python

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (гілка 2.x)

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7~)

• dep: python-click

  Wrapper around optparse for command line utilities - Python 2.7

• dep: python-future

  single-source support for Python 3 and 2 - Python 2.x

• dep: python-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  Швидкі методи для роботи з числовими масивами (модуль для Python)

• dep: python-numpy-abi9

  virtual package provided by python-numpy

• dep: python-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python-scipy

  scientific tools for Python

• dep: python-six (>= 1.10.0)

  Бібліотека сумісності Python 2 та 3 (інтерфейс Python 2)

• sug: python-biom-format-doc

  documentation for BIOM format

Завантажити python-biom-format

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	139.9 kB	683.0 kB	[список файлів]
arm64	128.5 kB	667.0 kB	[список файлів]
armhf	134.0 kB	602.0 kB	[список файлів]
i386	134.1 kB	687.0 kB	[список файлів]