Пакунок: last-align (963-2)

[ Source: last-align  ]

genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Інші пакунки пов'язані з last-align

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.5)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: parallel

  паралельне виконнаня кількох команд зі стандартного вводу

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: python

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (гілка 2.x)

• rec: python-pil

  Бібліотека обробки зображень в Python (відгалуження Pillow)

Завантажити last-align

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
armhf	576.2 kB	2,443.0 kB	[список файлів]