Пакунок: rsem (1.3.3+dfsg-1)

[ Source: rsem  ]

RNA-Seq by Expectation-Maximization

RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data. The RSEM package provides an user-friendly interface, supports threads for parallel computation of the EM algorithm, single-end and paired-end read data, quality scores, variable-length reads and RSPD estimation. In addition, it provides posterior mean and 95% credibility interval estimates for expression levels. For visualization, It can generate BAM and Wiggle files in both transcript-coordinate and genomic-coordinate. Genomic-coordinate files can be visualized by both UCSC Genome browser and Broad Institute’s Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate files can be visualized by IGV. RSEM also has its own scripts to generate transcript read depth plots in pdf format. The unique feature of RSEM is, the read depth plots can be stacked, with read depth contributed to unique reads shown in black and contributed to multi-reads shown in red. In addition, models learned from data can also be visualized. Last but not least, RSEM contains a simulator.

Інші пакунки пов'язані з rsem

• dep: bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

  or bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: libc6 (>= 2.15) [not arm64, ppc64el]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not ppc64el]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

• dep: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• sug: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• sug: r-bioc-ebseq

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Завантажити rsem

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	35,292.1 kB	37,142.0 kB	[список файлів]
arm64	35,239.1 kB	36,906.0 kB	[список файлів]
mips64el	35,266.3 kB	37,493.0 kB	[список файлів]
ppc64el	35,291.9 kB	37,730.0 kB	[список файлів]
s390x	35,240.8 kB	37,130.0 kB	[список файлів]