Пакунок: mafft (7.475-1)

[ Source: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Інші пакунки пов'язані з mafft

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• rec: blast2

  Пакунок недоступний

• rec: libwww-perl

  Простий й послідовний програмний інтерфейс до всесвітнього павутиння

• rec: lynx

  класичний неграфічний (текстовий) вебоглядач

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Завантажити mafft

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
ppc64el	973.3 kB	15,693.0 kB	[список файлів]