Пакунок: miniasm (0.3+dfsg-4)

[ Source: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, science::calculation, Purpose: Calculating, use::comparing, works-with::biological-sequence

Інші пакунки пов'язані з miniasm

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

Завантажити miniasm

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	29.2 kB	71.0 kB	[список файлів]
arm64	26.4 kB	82.0 kB	[список файлів]
armel	27.7 kB	82.0 kB	[список файлів]
armhf	26.3 kB	82.0 kB	[список файлів]
i386	31.2 kB	78.0 kB	[список файлів]
mips64el	29.7 kB	86.0 kB	[список файлів]
mipsel	29.5 kB	85.0 kB	[список файлів]
ppc64el	31.9 kB	83.0 kB	[список файлів]
s390x	28.4 kB	70.0 kB	[список файлів]