Paket: minimap2 (2.24+dfsg-4~0exp och andra) [debports]

[ Källkod:  ]

Experimentellt paket

Varning: Paketet är från den experimentella utgåvan. Det innebär att det med stor sannolikhet är instabilt eller innehåller fel, och kanske till och med kan orsaka dataförluster. Se till att läsa ändringsloggen och annan dokumentation innan du använder det.

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Andra paket besläktade med minimap2

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta minimap2

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
riscv64 (inofficiell anpassning)	2.24+dfsg-4~0exp+b1	400,0 kbyte	499,0 kbyte	[filförteckning]