Balík: barrnap (0.9+dfsg-4)

Odkazy pre barrnap

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík barrnap:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [www.vicbioinformatics.com]

Podobné balíky:

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Program, Purpose: use::searching, works-with::biological-sequence

Ostatné balíky súvisiace s balíkom barrnap

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
dep: hmmer

profile hidden Markov models for protein sequence analysis
dep: perl

Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

Stiahnuť barrnap

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
all	513.6 kB	3,170.0 kB	[zoznam súborov]