Balík: qcumber (2.3.0-2)

[ Zdroj: qcumber  ]

quality control of genomic sequences

QCPipeline is a tool for quality control. The workflow is as follows:

 1. Quality control with FastQC
 2. Trim Reads with Trimmomatic
 3. Quality control of trimmed reads with FastQC
 4. Map reads against reference using bowtie2
 5. Classify reads with Kraken

Ostatné balíky súvisiace s balíkom qcumber

• dep: debconf (>= 0.5)

  systém na správu konfigurácie Debianu

  alebo debconf-2.0

  virtuálny balík poskytovaný balíkom cdebconf, cdebconf-udeb, debconf

• dep: libjs-angularjs

  umožňuje vám písať klientské webové aplikácie ako keby ste mali inteligentnejší prehliadač

• dep: libjs-bootstrap

  platforma HTML, CSS a JS

• dep: libjs-d3

  knižnica jazyka JavaScript na vizualizáciu v HTML a SVG

• dep: libjs-jquery

  JavaScript library for dynamic web applications

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-jinja2

  malé, ale rýchle a jednoducho použiteľné samostatné šablónovacie jadro

• dep: python3-matplotlib

  systém v Pythone na vykresľovanie v štýle podobnom Matlabu

• dep: r-base-core

  jadro GNU R na štatistické výpočty a grafický systém

• dep: r-bioc-savr

  GNU R parse and analyze Illumina SAV files

• dep: r-cran-ggplot2

  implementácia Gramatiky grafiky

• dep: r-cran-quantreg

  GNU R - balík na regresiu kvantilov

• dep: snakemake

  pythonic workflow management system

Stiahnuť qcumber

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
all	49.3 kB	236.0 kB	[zoznam súborov]