Balík: kissplice (2.6.7-1) [debports]

[ Zdroj:  ]

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and will quantify each variant in each condition. It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads. Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom kissplice

• dep: bcalm

  de Bruijn compaction in low memory

• dep: libc6 (>= 2.38)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  podporná knižnica GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť kissplice

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
ppc64 (neoficiálny port)	485.5 kB	1,434.0 kB	[zoznam súborov]