Balík: bowtie (1.0.0-6) [debports]

[ Zdroj:  ]

Ultrafast memory-efficient short read aligner

This package addresses the problem to interpret the results from the latest (2010) DNA sequencing technologies. Those will yield fairly short stretches and those cannot be interpreted directly. It is the challenge for tools like Bowtie to give a chromosomal location to the short stretches of DNA sequenced per run.

Bowtie aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bowtie

• dep: libc6 (>= 2.11)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1)

  Balík nie je dostupný

• dep: libstdc++6 (>= 4.4.0)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• sug: bowtie-examples

  Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner

Stiahnuť bowtie

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
hppa (neoficiálny port)	894.0 kB	3,548.0 kB	[zoznam súborov]