Balík: shasta (0.12.0-2)

[ Zdroj: shasta  ]

Experimentálny balík

Upozornenie: Tento balík pochádza z distribúcie experimental. To znamená, že je pravdepodobne nestabilný alebo môže dokonca spôsobiť stratu údajov. Predtým, než ho začnete používať sa prosím pozrite do záznamu zmien a ďalšej možnej dokumentácie.

nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)

De novo assembly from Oxford Nanopore reads. The goal of the Shasta long read assembler is to rapidly produce accurate assembled sequence using as input DNA reads generated by Oxford Nanopore flow cells.

Computational methods used by the Shasta assembler include:

 * Using a run-length representation of the read sequence. This makes
   the assembly process more resilient to errors in homopolymer
   repeat counts, which are the most common type of errors in Oxford
   Nanopore reads.

 * Using in some phases of the computation a representation of the read
   sequence based on markers, a fixed subset of short k-mers (k ≈ 10).

Shasta assembly quality is comparable or better than assembly quality achieved by other long read assemblers.

This package contains the executable binaries (tools) and accommodating scripts.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom shasta

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  reprezentácia doby trvania, časového bodu a hodín v C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  knižnica volieb programu pre C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python3-shasta (= 0.12.0-2)

  nanopore whole genome assembly (dynamic library)

Stiahnuť shasta

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	610.5 kB	2,598.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	600.3 kB	2,670.0 kB	[zoznam súborov]