Balík: gbrowse (2.56+dfsg-4)

[ Zdroj: gbrowse  ]

GMOD Generic Genome Browser

Generic Genome Browser is a simple but highly configurable web-based genome browser. It is a component of the Generic Model Organism Systems Database project (GMOD). Some of its features:

 * Simultaneous bird's eye and detailed views of the genome;
 * Scroll, zoom, center;
 * Attach arbitrary URLs to any annotation;
 * Order and appearance of tracks are customizable by administrator and
   end-user;
 * Search by annotation ID, name, or comment;
 * Supports third party annotation using GFF formats;
 * Settings persist across sessions;
 * DNA and GFF dumps;
 * Connectivity to different databases, including BioSQL and Chado;
 * Multi-language support;
 * Third-party feature loading;
 * Customizable plug-in architecture (e.g. run BLAST, dump & import many
   formats, find oligonucleotides, design primers, create restriction maps,
   edit features).

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::perl, interface::web, Role: Program, Purpose: Analyzovanie, use::viewing, web::application, World Wide Web: CGI

Ostatné balíky súvisiace s balíkom gbrowse

• dep: apache2 (>= 2.4)

  HTTP server Apache

  alebo httpd-cgi

  virtuálny balík poskytovaný balíkom apache2, lighttpd, mini-httpd, nginx-extras, nginx-full, nginx-light, tntnet, yaws

• dep: bioperl

  nástroje jazyka Perl na výpočtovú molekulárnu biológiu

• dep: libbio-coordinate-perl

  BioPerl modules for working with biological coordinates

• dep: libbio-graphics-perl (>= 2.31)

  Generate GD images of Bio::Seq objects

• dep: libcgi-session-perl

  perzistentné dáta relácie v aplikáciách CGI

• dep: libdbd-sqlite3-perl

  ovládač DBI jazyka Perl spolu s relačným SRBD

• dep: libgd-gd2-noxpm-perl

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libgd-perl

  alebo libgd-gd2-perl

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libgd-perl

• dep: libhttp-daemon-perl

  jednoduchá trieda servera HTTP

• dep: libio-string-perl

  emulácia rozhrania IO::File pre reťazce v jadre

• dep: libjs-prototype

  JavaScriptová platforma pre dynamické webové aplikácie

• dep: libjs-scriptaculous

  JavaScriptová knižnica pre dynamické webové aplikácie

• dep: libjson-perl

  modul na prácu s údajmi vo formáte JSON

• dep: libstatistics-descriptive-perl

  modul jazyka Perl so základnými funkciami deskriptívnej štatistiky

• dep: libterm-readkey-perl

  modul jazyka Perl na jednoduché ovládanie terminálu

• dep: libvm-ec2-perl

  module providing controls on Amazon EC2 and Eucalyptus

• dep: libwww-perl

  jednoduché a konzistentné rozhranie k www

• dep: lsb-base

  funkcionalita init skriptov pre Linux Standard Base

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: sqlite3

  rozhranie príkazového riadka pre SQLite 3

• rec: apache2 (>= 2.4.6-4~)

  HTTP server Apache

  alebo httpd

  virtuálny balík poskytovaný balíkom apache2, ebhttpd, lighttpd, micro-httpd, mini-httpd, nginx-extras, nginx-full, nginx-light, tntnet, webfs, yaws

• sug: gbrowse-calign

  CAlign helper

• sug: gbrowse-data

  Sample data to use GBrowse

• sug: libfile-nfslock-perl

  modul jazyka Perl na zamykanie (alebo nezamykanie) NFS

Stiahnuť gbrowse

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
all	2,316.5 kB	7,016.0 kB	[zoznam súborov]