Balík: changeo (0.4.5-1)

[ Zdroj: changeo  ]

Repertoire clonal assignment toolkit (Python 3)

Change-O is a collection of tools for processing the output of V(D)J alignment tools, assigning clonal clusters to immunoglobulin (Ig) sequences, and reconstructing germline sequences.

Dramatic improvements in high-throughput sequencing technologies now enable large-scale characterization of Ig repertoires, defined as the collection of trans-membrane antigen-receptor proteins located on the surface of B cells and T cells. Change-O is a suite of utilities to facilitate advanced analysis of Ig and TCR sequences following germline segment assignment. Change-O handles output from IMGT/HighV-QUEST and IgBLAST, and provides a wide variety of clustering methods for assigning clonal groups to Ig sequences. Record sorting, grouping, and various database manipulation operations are also included.

This package installs the library for Python 3.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom changeo

• dep: python3

  interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (predvolená verzia python3)

• dep: python3-biopython

  knižnica na bioinformatiku implementovaná v jazyku Python 3

• dep: python3-numpy

  schopnosti rýchlych polí do jazyka Python 3

• dep: python3-pandas

  údajové štruktúry „relačných“ dát alebo dát „s označením“ - Python 3

• dep: python3-pkg-resources

  objavovanie balíkov a prístup k zdrojom prostredníctvom pkg_resources

• dep: python3-scipy

  vedecké nástroje pre Python 3

• dep: python3-yaml

  spracovanie a tvorbu YAML v jazyku Python 3

• rec: python3-airr

  Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences

• rec: python3-biopython (>= 1.65)

  knižnica na bioinformatiku implementovaná v jazyku Python 3

• rec: python3-pandas (>= 0.15)

  údajové štruktúry „relačných“ dát alebo dát „s označením“ - Python 3

• rec: python3-presto

  toolkit for processing B and T cell sequences

• rec: python3-scipy (>= 0.14)

  vedecké nástroje pre Python 3

Stiahnuť changeo

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
all	88.0 kB	620.0 kB	[zoznam súborov]