Balík: profphd (1.0.42-3)

[ Zdroj: profphd  ]

predpovedanie sekundárnej štruktúry a prístupnosti rozpúšťadiel

Tento balík poskytuje program prof(1) na predpovedanie sekundárnej štruktúry, prístupnosti a transmembránovej závitnice, ktorého autorom je Burkhard Rost. Predpoveď sa vytvorí buď len zo samotnej sekvencie bielkovín alebo zo zarovnania. Druhý prípad by ste mali používať kvôli optimálnemu výkonu.

Aké dosahuje prof(1) výsledky?

 * sekundárnu štruktúru predpovedá s očakávanou priemernou presnosťou
   > 72 % pre tri stavy závitnica, vlákno a slučka

 * prístupnosť rozpúšťadiel predpovedá s koeficientom korelácie 0,54 (medzi
   experimentálne pozorovanou a predpovedanou relatívnou prístupnosťou
   rozpúšťadiel)

 * predpovedanie transmembránovej závitnice má očakávanú per-reziduálnu
   presnosť okolo 95 %. Počet falošných pozitív, t.j. transmembránových
   závitníc predpovedaných v globulárnych bielkovinách je okolo 2 %.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom profphd

• dep: librg-utils-perl

  parsers and format conversion utilities used by (e.g.) profphd

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: profnet-prof

  neural network architecture for profacc

• dep: profphd-net

  architektúra neurónových sietí pre profphd

• dep: profphd-utils

  pomocné nástroje profphd convert_seq a filter_hssp

• rec: pp-popularity-contest

  PredictProtein popularity contest

Stiahnuť profphd

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
all	4,404.7 kB	26,199.0 kB	[zoznam súborov]