Balík: python-biopython (1.73+dfsg-1)

[ Zdroj: python-biopython  ]

knižnica na bioinformatiku implementovaná v jazyku Python 2

Projekt Biopython je medzinárodné združenie vývojárov slobodne dostupných nástrojov v jazyku Python na výpočtovú molekulárnu biológiu.

Je to distribuovaná spolupráca na vývoji knižníc a aplikácií v jazyku Python, ktoré pokrývajú potreby súčasnej a budúcej práce v bioinformatike. Zdrojový kód je prístupný za podmienok licencie Biopython License, ktorá je extrémne liberálna a kompatibilná s takmer každou licenciou na svete. Projekt funguje vedľa nadácie Open Bioinformatics Foundation, ktorá projektu štedro poskytuje webový priestor a úložisko CVS.

Tento balík je cielený na Python verzie 2.

Značky: Software Development: Python Development, Knižnice, Pole: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementované v: Python, Role: role::devel-lib, role::shared-lib

Ostatné balíky súvisiace s balíkom python-biopython

• dep: libc6 (>= 2.14)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: python

  interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (verzia python2)

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7~)

• dep: python-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  Numerical Python pridáva schopnosti rýchlych polí do jazyka Python

• dep: python-numpy-abi9

  virtuálny balík poskytovaný balíkom python-numpy

• dep: python-reportlab

  knižnica ReportLab na tvorbu dokumentov PDF pomocou Pythonu

• rec: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• rec: python-biopython-doc (= 1.73+dfsg-1)

  Documentation for the Biopython library

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: clustalo

  všeobecný program na viacnásobné zarovnávanie sekvencií bielkovín

• sug: clustalw

  globálne viacnásobné zarovnávanie sekvencií nukleotidov alebo peptidov

• sug: dialign

  Segment-based multiple sequence alignment

• sug: dssp

  protein secondary structure assignment based on 3D structure

• sug: emboss

  európsky balík otvoreného softvéru pre molekulárnu biológiu

• sug: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• sug: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• sug: python-matplotlib

  systém v Pythone na vykresľovanie v štýle podobnom Matlabu

• sug: python-mysqldb

  rozhranie jazyka Python k MySQL

• sug: python-pil

  Python Imaging Library (fork Pillow)

• sug: python-psycopg2

  modul Pythonu pre PostgreSQL

• sug: python-rdflib (>= 4)

  knižnica jazyka Python obsahujúca RDF triple store a syntaktické analyzátory a serializátory RDF

• sug: python-renderpm

  nízkoúrovňové vykresľovacie rozhranie pre Python

• sug: python-scipy

  vedecké nástroje pre Python

• sug: python-tk

  Tkinter - písanie aplikácií Tk v jazyku Python 2

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• sug: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

• sug: w3-dtd-mathml

  Mathematical Markup Language V2.0 DTD

• sug: wise (>= 2.4.1-16)

  comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

Stiahnuť python-biopython

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	1,302.5 kB	8,974.0 kB	[zoznam súborov]