Balík: gubbins (2.3.4-1)
Odkazy pre gubbins
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík gubbins:
Správcovia:
- Debian Med Packaging Team (Stránka QA, Konferencia)
- Andreas Tille (Stránka QA)
- Aidan Delaney (Stránka QA)
Externé zdroje:
- Domovská stránka [sanger-pathogens.github.io]
Podobné balíky:
phylogenetic analysis of genome sequences
Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.
Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom gubbins
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- dep: libc6 (>= 2.14)
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
-
- dep: python3
- interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (predvolená verzia python3)
-
- dep: python3-biopython
- knižnica na bioinformatiku implementovaná v jazyku Python 3
-
- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
-
- dep: python3-nose
- objavovanie testov a spúšťanie unit testov Pythonu 3
-
- dep: python3-reportlab
- knižnica ReportLab na tvorbu dokumentov PDF pomocou Pythonu
-
- dep: raxml (>= 8)
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- komprimačná knižnica - dynamická verzia
Stiahnuť gubbins
Architektúra | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
---|---|---|---|
amd64 | 47.4 kB | 187.0 kB | [zoznam súborov] |