Balík: ariba (2.13.3+ds-1)

[ Zdroj: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Príkazový riadok, Role: role::program, scope::application, Purpose: Analyzovanie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom ariba

• dep: bowtie2 (>= 2.1.0)

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: fastaq (>= 3.12.0)

  FASTA and FASTQ file manipulation tools

• dep: libc6 (>= 2.14)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1-4~)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  podporná knižnica GCC

• dep: libminimap0

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: python3

  interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (predvolená verzia python3)

  dep: python3 (<< 3.8)

  dep: python3 (>= 3.7~)

• dep: python3-biopython

  knižnica na bioinformatiku implementovaná v jazyku Python 3

• dep: python3-bs4

  syntaktický analyzátor HTML tolerantný k chybám pre Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  systém v Pythone na vykresľovanie v štýle podobnom Matlabu - Python 3

• dep: python3-pymummer (>= 0.10.2)

  Python 3 interface to MUMmer

• dep: python3-pysam (>= 0.9.1)

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-tk

  Tkinter - písanie aplikácií Tk v jazyku Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť ariba

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	1,639.6 kB	17,444.0 kB	[zoznam súborov]