Balík: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-8 a iné) [non-free]

[ Zdroj: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Works with: Biologické sekvencie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom cufflinks

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  knižnica na serializáciu pre C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portabilný multi-threading pre C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  Balík nie je dostupný

Stiahnuť cufflinks

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
mipsel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,500.6 kB	13,369.0 kB	[zoznam súborov]