Balík: yanosim (0.1-5)

[ Zdroj: yanosim  ]

read simulator nanopore DRS datasets

Yanosim has three options:

1. yanosim model:

   Creates an model of mismatches, insertions and deletions
   based on an alignment of nanopore DRS reads to a
   reference. Reads should be aligned to a transcriptome
   i.e. without spliced alignment, using minimap2. They
   should have the cs tag.

2. yanosim quantify:

   Quantify the number of reads mapping to each
   transcript in a reference, so that the right number
   of reads can be simulated.

3. yanosim simulate:

   Given a model created using yanosim model, and
   per-transcript read counts created using yanosim
   simulate, simulate error-prone long-reads from the
   given fasta file.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom yanosim

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-click

  wrapper optparse na tvorbu mocných nástrojov príkazového riadka - Python 3.x

• dep: python3-numpy

  schopnosti rýchlych polí do jazyka Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  vedecké nástroje pre Python 3

Stiahnuť yanosim

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
armel	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
i386	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]