Balík: r-bioc-isoformswitchanalyzer (1.20.0+ds-1)

[ Zdroj: r-bioc-isoformswitchanalyzer  ]

Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and

Isoform Switches with Functional Consequences from both short- and long-read RNA-seq data. Analysis of alternative splicing and isoform switches with predicted functional consequences (e.g. gain/loss of protein domains etc.) from quantification of all types of RNASeq by tools such as Kallisto, Salmon, StringTie, Cufflinks/Cuffdiff etc.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom r-bioc-isoformswitchanalyzer

• dep: r-api-4.0

  virtuálny balík poskytovaný balíkom r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  virtuálny balík poskytovaný balíkom r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  jadro GNU R na štatistické výpočty a grafický systém

• dep: r-bioc-biobase

  base functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.50.0)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-bsgenome

  BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages

• dep: r-bioc-dexseq

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• dep: r-bioc-drimseq

  Differential transcript usage and tuQTL analyses with

• dep: r-bioc-edger

  Empirical analysis of digital gene expression data in R

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-limma

  linear models for microarray data

• dep: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-tximeta (>= 1.7.12)

  Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

• dep: r-bioc-tximport (>= 1.7.1)

  transcript-level estimates for biological sequencing

• dep: r-bioc-xvector

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-cran-dbi

  balík GNU R poskytujúci všeobecné databázové rozhranie

• dep: r-cran-dplyr

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-futile.logger

  logging utility for GNU R

• dep: r-cran-ggplot2

  implementácia Gramatiky grafiky

• dep: r-cran-gridextra

  GNU R - balík s rozšíreniami balíka grid

• dep: r-cran-magrittr

  GNU R - operátor dopredná rúra

• dep: r-cran-plyr

  nástroje na rozdeľovanie, aplikovanie a kombinovanie dát

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  balík GNU R poskytujúci vhodné palety farieb

• dep: r-cran-rcurl

  GNU R General network (HTTP/FTP/...) client interface

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-reshape2

  flexibilná zmena tvaru dát - reboot balíka reshape

• dep: r-cran-stringr

  uľahčenie práce s reťazcami

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-venndiagram

  Generate High-Resolution Venn and Euler Plots

• sug: r-cran-knitr

  balík GNU R na dynamickú tvorbu zostáv pomocou Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

Stiahnuť r-bioc-isoformswitchanalyzer

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	3,589.5 kB	4,202.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	3,589.6 kB	4,254.0 kB	[zoznam súborov]
armel	3,589.6 kB	4,254.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	3,589.4 kB	4,254.0 kB	[zoznam súborov]
i386	3,546.9 kB	4,159.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	3,589.3 kB	4,254.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	3,589.4 kB	4,254.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	3,589.8 kB	4,254.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	3,589.6 kB	4,194.0 kB	[zoznam súborov]