Balík: mash (2.3+dfsg-3 a iné)

[ Zdroj: mash  ]

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

Mash uses MinHash locality-sensitive hashing to reduce large biosequences to a representative sketch and rapidly estimate pairwise distances between genomes or metagenomes. Mash sketch databases effectively delineate known species boundaries, allow construction of approximate phylogenies, and can be searched in seconds using assembled genomes or raw sequencing runs from Illumina, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. For metagenomics, Mash scales to thousands of samples and can replicate Human Microbiome Project and Global Ocean Survey results in a fraction of the time.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom mash

• dep: libc6 (>= 2.34)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libcapnp-0.9.2

  Cap'n Proto C++ library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  podporná knižnica GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) - balík knižnice

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť mash

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
mips64el	2.3+dfsg-3+b1	165.1 kB	636.0 kB	[zoznam súborov]